Việc sử dụng flumequine trong động vật thực phẩm đã gây ra cuộc tranh luận đáng kể. Dư lượng đáng kể và có hại của quinolone đã được tìm thấy ở động vật được điều trị bằng quinolone và sau đó được giết mổ và bán làm thực phẩm. Đã có mối quan tâm đáng kể về lượng dư lượng flumequine được tìm thấy trong động vật thực phẩm như cá, gia cầm và gia súc.[21][22] Năm 2003, Ủy ban FAO/WHO về Phụ gia thực phẩm (JECFA) đã rút các giới hạn dư lượng tối đa (MRL) đối với flumequine và carbadox dựa trên bằng chứng cho thấy cả hai đều là chất gây ung thư di truyền trực tiếp, do đó Ủy ban không thể thiết lập một lượng hàng ngày chấp nhận được (ADI) cho con người tiếp xúc với dư lượng này.[23] Sau đó, vào năm 2006, JEFCA, đã thiết lập lại ADI sau khi nhận được bằng chứng thích hợp và MRL được chỉ định lại. Vai trò của JECFA là đánh giá độc tính, hóa học dư lượng và thông tin liên quan và đưa ra khuyến nghị về mức độ chấp nhận hàng ngày (ADI) và giới hạn dư lượng tối đa (MRL). Tại phiên họp thứ 16, được tổ chức vào tháng 5 năm 2006, Ủy ban về Dư lượng Thuốc Thú y trong Thực phẩm (CCRVDF) đã yêu cầu thông tin về việc sử dụng flumequine đã đăng ký. Vì CCRVDF không nhận được bất kỳ thông tin nào liên quan đến việc sử dụng flumequine đã đăng ký mà họ đã yêu cầu, các thành viên ủy ban đã đồng ý ngừng cho flumequine trong tôm.[24][25]